Ανώτερο όργανο της ΕΒΝΑ είναι η Γενική Συνέλευση των μελών. Η Γενική Συνέλευση εκλέγει με το σύστημα της απλής αναλογικής τα μέλη του Διοικητικού, το οποίο αποτελείται από 9 μέλη, τα μέλη της ελεγκτικής επιτροπής, η οποία αποτελείται από 3 μέλη, και τους αντιπροσώπους στην Ομοσπονδία Βενζινοπωλών Ελλάδος. Το Διοικητικό Συμβούλιο εκλέγει από τα μέλη του τον Πρόεδρο , τον Αντιπρόεδρο, τον Γενικό Γραμματέα, τον Ταμία. Οι τέσσερις πρώτοι αποτελούν το Προεδρείο.